В 1996 году продолжалось строительство на Рублевском шоссе. К этому времени завершилось строительство административного и инженерного блоков, пищеблока, двух операционных и 18 коек реанимации.
Впервые в НЦССХ проведены операции: «баллонная атриосептостомия по методу Rashkindпод ЭхоКГ-контролем у новорожденного с ТМА» (А.В. Иваницкий) и «коррекция ТМА по методу Мастарда из правой боковой торакотомии (В.Н. Ильин)».
Библиотека выделена в самостоятельное подразделение в штате Научного-центра сердечно-сосудистой хирургии им. А. Н. Бакулева РАМН